############### Prvi termin vezbi##############

### Ucitavanje SPSS baze ###

install.packages("foreign") #instaliranje i ucitavanje paketa
library("foreign")

Sleep=read.spss("E:/baze/sleep3ED.sav", to.data.frame = TRUE) #ucitavanje spss baze
Sleep
fix(Sleep) # i fix i View sluze da steknemo uvid u bazu podataka
View(Sleep)
attach(Sleep)

##### Deskriptivna statistika #######

#### Kategorijska obelezja ######

install.packages("summarytools")
library("summarytools")
freq(marital)
freq(marital, report.nas = FALSE) #izbacuje red NA iz tabele

### Neprekidna obelezja ###

descr(age) #osnovni deskriptivni pokazatelji obelezja (nedostaje Mod)
descr(Sleep) # ovde je jako zgodno sto je kod kategorijskih obelezja R povukao obajsnjenja,
             # a ne brojne oznake kategorija. Posto se descr primenjuje na sva numericka obelezja, 
             # kategorijske promenljive nisu ukljucene u 
descr(Sleep,transpose = TRUE) # bolja preglednost u transponovanoj matrici

descr(age, stats=c("mean", "med","sd")) #ako zalimo samo pojedine deskriptivne statistike

stby(              # stby omogucava racunanje deskriptivnih statistika po grupama
  data = age,       # neprekidno obelezje, nosilac istrazivanja 
  INDICES = marital, # po bracnim stanjima, kategorijsko obelezje koje obezbedjuje grupe
  FUN = descr, # deskriptivne statistike
  stats = "common" # ovo oznacava da ce se racunati samo najbitnije deskriptivne statistike 
)

### Mod (nije dat u prethodnom paketu) ###

getmode=function(v) { #ne postoji kao gotova funkcija, pa moramo da je napravimo
  uniqv=unique(v)     # funkcija koja izdvaja sve elemente niza, ali jedinstveno, bez duplikata
  uniqv[which.max(tabulate(match(v, uniqv)))]
}
getmode(marital)
getmode(alchohol)
getmode(caffeine)

### Trimovana sredina ###

mean(age) #vraca NA jer postoje NA podaci
mean(age,na.rm = TRUE) #resava problem sa NA
mean(age,trim=0.3,na.rm = TRUE) #odbacuje tri najmanje i tri najvece vrednosti i ponovo racuna mean

###############################################################################################################

 ##################### TESTIRANJE NORMALNOSTI RASPODELE #######################

### Kolmogorov-Smirnov test ###

ks.test(age,"pnorm") #problem nastaje jer funkcija ks.test ne tolerise duplicirane vrednosti
ks.test(unique(age),"pnorm") #problem resavamo uvodjenjem funkcije unique
ks.test(unique(caffeine),"pnorm") 

### Alternativa: Anderson-Darling test ###############

install.packages("nortest")
library(nortest)
ad.test(age)

### Shapiro-Wilk test ###

Experim=read.spss("E:/baze/experim3ED.sav", to.data.frame = TRUE)
fix(Experim)
shapiro.test(Experim$fost1)

# Ispitivanje normalnosti po grupama

my_packages <- c("dplyr", "broom", "nortest")
lapply(my_packages, require, character.only = TRUE)

Sleep %>%
  group_by(marital) %>% 
  do(glance(shapiro.test(.$age))) 

Sleep %>%
  group_by(marital) %>% 
  do(glance(ad.test(.$age))) 


# shapiro test za vise oblelezja odjednom

install.packages("tidyverse")
library("tidyverse")
library("rstatix")

Sleep %>% shapiro_test(height, weight) #trazi bazu na pocetku komande


## Los primer ispitivanja normalnosti po grupama Shapiro-Wilk metodom
library(dplyr)
library(broom)

Sleep %>%
  group_by(marital) %>% 
  do(tidy(shapiro.test(age)))


###################### GRAFICI U R-u #####################

### Histogram ############

hist(age)
hist(age,breaks=15) # definise broj podeoka
hist(age, breaks=c(11,22,33,44,55,66,77,88))
hist(age~sex,col="red")

install.packages("lattice") #paket omogucava graficka resenja drugacija od ranije ponudjenih
library("lattice")
histogram( ~ age | marital)

### Boxplot ###

boxplot(age)
boxplot(age~marital,col="lightgray")

### Stubicasti dijagram ###

barplot(table(marital)) # kategorijska obelezja
barplot(prop.table(table(marital))) #dobijamo relativne frekvencije umesto frekvencija
barplot(table(marital,sex))

barplot(table(marital,sex), beside=TRUE) # dva kategorijska obelezja
barplot(table(marital,sex), beside=TRUE,legend.text=T)

### Scater (dijagram rasturanja) ###

plot(weight, height)

install.packages("lattice") #paket omogucava graficka resenja drugacija od ranije ponudjenih
library("lattice")
xyplot(weight ~ height | marital) #scater za svaku od grupa

##############################################################################################

################ TABELE KONTIGENCIJE #################

ctable(marital,agegp3) # deo paketa 'summarytools', po default-u imamo procente preko vrsta
ctable(marital,agegp3,prop="c") # procenti po kolonama
ctable(marital,agegp3,prop="t") # ukupni procenti
ctable(marital,agegp3,prop="n") # bez procenata